位错数目用什么软件
弗伦克尔缺陷对（Frenkel pairs）：即一个原子离开其晶格位置而进入到间隙位置，并在原来的位置上留下了空位所形成的缺陷。其特点是间隙子和空位总是成对出现。
位错环（Dislocation loops）：一种晶体内的线位错，由于位错运动而产生的环状位错。我简单粗暴的从图中理解就是间隙子迁移聚集形成了环状。而标题中的 100 则是指的该位错环的伯格斯矢量。（由于本人不是专门研究位错的，所以我粗暴的理解可能是错误的）。
OVITO 这个软件对于 LAMMPS 就相当于 VESTA 对于 VASP，一个计算，一个处理，两者搭配，科研不累。与 LAMMPS 一样，这个软件是开源并且在 Win 和 Linux（Ubuntu）系统下都可以使用，百度一下 OVITO，分分钟就能找到官网并下载安装。
1、如何利用 OVITO找弗伦克尔缺陷？
利用 OVITO 找弗伦克尔缺陷对需要准备两个文件：一个是结构演化前的坐标文件，一个是结构演化过程的坐标文件（这个是利用 LAMMPS 的 dump 命令进行输出）。以我上次最后给出的演化示意图的制作为例，一共用到了 OVITO 的十个功能，我在下方图中标了出来。具体操作过程如下：
将演化过程的文件导入 OVITO 软件后，选取下图2中标注 1 处（Filecontains time series），告诉 OVITO 该文件是个演化过程文件，随后选择下图2中标注 2 处（Add modification），这里面几乎包含了 OVITO 软件的所有功能，有兴趣的同学可以去探索一下。在图2 中标注 2 处里面找到并选取 Wigner - Seitz defect analysis (这也是 NC 文章中所提到的缺陷分析方法)；

▲ 图 2
接着点击下图3 标注 5 处导入演化前的结构文件。然后会在图3 中标注 6 处发现软件告诉你找到几个空位和几个间隙子（一般情况下这两个值是相等的），继续点击图3 中标注 7 处（播放键），OVITO 便会自动统计演化过程中每个时刻产生的空位数目和间隙子数目。

▲ 图 3
但是，NC 文章中的演化图中只有空位和间隙子，并不是 Fe 原子 ~，继续选取 Add modification 处，找到里面的 Expression select（图4 中标注 8 处），选取后 OVITO 会给你一个方框，在里面填写 Occupancy==1 (这是告诉 OVITO 让它将没有离开晶格位置的 Fe 原子都选中)，然后在 2 处选择 Delete selected particles（图4 中标注 9 处），让 OVITO 将这些 Fe 原子都删掉，这样就只剩下空位和间隙子了，接着再次重复一下 Expression select 这个过程，选取 Occupancy == 2 或者 0 (这是告诉 OVITO 让它将间隙子或者空位都选中)，然后在 Add modification 中找到 Assign color（图4中标注 10 处），给选中的空位或者间隙子赋予自己喜欢的颜色，随后再次点击播放键，OVITO 将为你展示完整的缺陷演化过程。至于图2 中标注 3，4 这两个地方，一个是输出演化过程视频文件，一个是输出单张图片。

▲ 图 4
2、如何利用 OVITO 做类似 NC 文章中的位错环分析：
由于本人重复 NC 文章级联碰撞过程使用的体系很小，所以根本形成不了位错环，因此很干脆的在 Fe 当中手动的建了一个位错环，这里再给各位安利一个建模软件，Atomsk，一款金属材料界建模利器（多晶，晶界，位错以及界面等等），有兴趣的同学可以百度一下，以下是用 OVITO 展示了我用 Atomsk 建的一个 Fe 的位错环（导入坐标文件后直接在 Add modification 中选取 Dislocation analysis（DXA）即可）：

▲ 图 5
可以看到 OVITO 不仅帮忙找出了位错环，而且还能帮忙指出了几个位错环，各个位错环的长度以及其伯格斯矢量（对应 NC 文章的 fig.3）。
以上介绍的利用 OVITO 进行缺陷分析加上位错环分析按顺序叠加起来就能够得到类似 NC 文章中的 fig.1 了，有资源有兴趣的同学可以重复试试~，今天就先介绍到这里，至此该文章中能涉及到的软件基本操作和相关知识已经介绍完了，至于文章中的 fig.2（与 LAMMPS 的特定计算与输出有关）,会尽量找到合适的例子继续分享，本文若有疏漏和不足的地方，期待大家的指正~。
如何在ubuntu系统上使用ovito
你自己的文件默认别人是无法修改的啊....如果你是说连root也不可以修改,那是不可能的了,root用户大于一切,这是linux法则....
anaconda已经安装上了ovito模块，但是python却导入不了，有没有大佬帮忙解答一下？
看样子你系统默认的Python不是anaconda的那个，而是你系统里还有一个安装好的Python而ovito并没在那边安装。我看了一下我电脑上的启动Python时第一行中间应该有写Anaconda， Inc。
